2013年5月，曼奇尼结束了在曼城的执教生涯，带着1座英超联赛冠军、1座足总杯冠军、1座社区盾杯和2座英超月度最佳教练奖杯离开了伊蒂哈德球场。两个月后，曾执教马拉加的佩莱格里尼接任曼城新帅。对于执教曼城，这位智利工程师表示：“在我签约之前，我就知道他们的最终目标是瓜迪奥拉。贝吉里斯坦和索里亚诺曾在巴塞罗那与他共事，他们三四个月前就找过我，说想找佩普，但如果佩普拒绝做他们的主教练，那我就接手。”

然而那一年瓜迪奥拉去了拜仁，而佩普·瓜迪奥拉则入主了阿提哈德球场。随后便是2013/14赛季的英超复出。杰拉德在安菲尔德的惊天大逆转让利物浦的夺冠机会推迟了六年，但曼城在最后决战中输给利物浦后，在最后六场比赛中五胜一平，这也是利物浦失败的重要原因。

2014年，曼城因违反欧足联财政公平法案被罚款4900万欧元JRS直播，并被禁止签下新球员，最终未能卫冕，屈居亚军。2015年夏天，曼城签下德布劳内和斯特林，虽然只取得英超第四名，却闯入欧冠四强。那个赛季结束后，佩莱格里尼结束了在曼城三年的执教生涯，瓜迪奥拉正式开启了自己的曼城时代。

在担任曼城主帅的三年生涯中，佩莱格里尼留下了一个英超冠军和两个联赛杯冠军，四次获得英超月度最佳教练的奖项。他对曼城最大的贡献主要体现在两点。第一是最大程度地平息了曼奇尼时代非常突出的更衣室问题。曼奇尼执教期间，曼城更衣室平均每周三天传出内讧的消息。特维斯拒绝上场，萨巴莱塔后来在球员通道里扇了他一巴掌，令人震惊。但在佩莱格里尼执教期间，曼城更衣室里很平静。

更重要的是，佩莱格里尼为曼城打传控打法奠定了基础。曼奇尼时代，曼城经常使用三后卫反击战术。佩莱格里尼为球队注入了控制流进攻风格，以至于瓜迪奥拉接手之后，不需要对球队做出太大的改造，只是换掉一些年纪较大的球员，就称霸了英超。可谓前人栽树，后人乘凉。如今曼城已经成为欧洲新豪门，但他们不会忘记这位创始人的贡献。